V roce 2004 došlo k formálnímu oddělení od střediska Diakonie ČCE a školy začaly existovat jako samostatný právní subjekt s oficiálním názvem – Mateřská škola, základní škola speciální a praktická škola Diakonie ČCE Rolnička Soběslav.

Činnost školy však zůstala neodmyslitelně organizačně i provozně spjata se střediskem Diakonie ČCE Rolnička, které nabízí dětem a žákům sociální a doplňkové služby - dopravu do školy vlastním mikrobusem, pobyt v centru denních služeb v době mimo vyučování a osobní asistenci v průběhu vyučování.

Díky spolupráci se střediskem mohou žáci pravidelně využívat fyzioterapii a masáže, logopedii, arteterapii a další speciálně pedagogické terapie.

Výuka ve škole je individualizovaná v ročníkově smíšených třídách - žáci se vzdělávají ve skupinách nebo samostatně v místnosti pro individuální terapie. Žáci s diagnózou autismus využívají speciální učebnu. Do výuky jsou zařazovány chvilky pro odpočinek a relaxaci.